Referensna služba koja postoji pri Biblioteci trebalo bi da, posle rekonstrukcije zgrade Doma Vojske, preraste u naučno odeljenje koje će objediniti stručnu i priručnu literaturu, enciklopedijske, leksikografske i bibliografske izvore, rečnike, fond peridike, kao i neknjižnu bibliotečku građu. Tako koncipirano naučno odeljenje povećaće nivo informacija koje Narodna biblioteka Pirot pruža korisnicima, a uz adekvatnu tehničku opremu, ovaj fond, koji je inače zatvorenog tipa, biće zaštićen. Korisnicima je već sada omogućeno skeniranje i fotokopiranje u okviru odeljenja.
Članovi Biblioteke su u mogućnosti da na ovom odeljenju besplatno koriste internet.